麻省理工學(xué)院-哈佛大學(xué)博德研究所數(shù)據(jù)科學(xué)平臺(tái)外聯(lián)與傳播總監(jiān)Geraldine Van der Auwera 表示:“我們知道,云技術(shù)將使數(shù)據(jù)聯(lián)合和協(xié)作達(dá)到一個(gè)全新的水平。我們可以與其它各方合作,創(chuàng)建一個(gè)基于云的數(shù)據(jù)生態(tài)系統(tǒng),使科研人員可以在利用自己生成的數(shù)據(jù)的同時(shí),整合其它數(shù)據(jù)集,來(lái)實(shí)現(xiàn)更豐富、更強(qiáng)大的計(jì)算實(shí)驗(yàn)。”
為適應(yīng)基因組數(shù)據(jù)量和計(jì)算研究需求的急劇增長(zhǎng),博德研究所將其負(fù)載遷移到了谷歌云N2實(shí)例。在遷移到基于英特爾至強(qiáng)可擴(kuò)展處理器的N2實(shí)例上之后,通過(guò)對(duì)管線部署工作流進(jìn)行模塊化處理、根據(jù)負(fù)載需求正確調(diào)整云實(shí)例的大小并針對(duì)至強(qiáng)可擴(kuò)展處理器進(jìn)行優(yōu)化,博德研究所的用戶可以將其基因組學(xué)工作流在谷歌云上的運(yùn)行速度提高約25%、成本降低34%。
英特爾與博德研究所自2017年起便展開(kāi)合作,利用英特爾函數(shù)庫(kù)(包括英特爾?基因組學(xué)核心函數(shù)庫(kù))幫助該研究所優(yōu)化其管線部署和基因組分析工具包。雙方還共同管理英特爾-博德基因組數(shù)據(jù)工程中心,來(lái)幫助世界各地的研究人員和軟件工程師構(gòu)建、優(yōu)化并廣泛共享新的工具和基礎(chǔ)設(shè)施,以及幫助科學(xué)家整合和處理基因組數(shù)據(jù)。
英特爾還與博德研究所合作,幫助優(yōu)化其在谷歌云上的管線部署。例如,基因組分析工具包中的特定內(nèi)核針對(duì)使用英特爾高級(jí)矢量擴(kuò)展指令集512(英特爾 AVX-512)的矢量運(yùn)算進(jìn)行了優(yōu)化。一些優(yōu)化的存儲(chǔ)功能使用了英特爾智能存儲(chǔ)加速函數(shù)庫(kù)(英特爾 ISA-L)。
為了實(shí)現(xiàn)更廣泛的生命科學(xué)生態(tài)系統(tǒng)愿景,博德研究所、微軟和Verily共同開(kāi)發(fā)了Terra平臺(tái)。這是一個(gè)安全的可擴(kuò)展平臺(tái),供全球生物醫(yī)學(xué)研究人員訪問(wèn)數(shù)據(jù)、運(yùn)行分析工具并進(jìn)行協(xié)作。Terra是在云基礎(chǔ)架構(gòu)之上構(gòu)建的,這使博德研究所能夠輕松擴(kuò)展,并為科研人員提供新功能,使其更好地研究攻克人類疾病的解決方案。
基因組學(xué)已經(jīng)改變了生物科學(xué)的呈現(xiàn)方式。在英特爾和谷歌云的幫助下,博德研究所處于創(chuàng)新前沿,支持并幫助加速基因組學(xué)的研究進(jìn)程。通過(guò)遷移到云并針對(duì)谷歌云實(shí)例對(duì)負(fù)載進(jìn)行優(yōu)化,博德研究所以一種可擴(kuò)展、前瞻性的方式完成了存儲(chǔ)容量和計(jì)算能力方面的挑戰(zhàn)。共同構(gòu)建Terra平臺(tái)使博德研究所不僅賦能其研究團(tuán)隊(duì),而且還賦能世界各地的生命科學(xué)家,使他們能夠充分利用這些優(yōu)化的工具和管線部署,來(lái)創(chuàng)造一個(gè)聯(lián)合數(shù)據(jù)生態(tài)系統(tǒng),為生物醫(yī)學(xué)研究開(kāi)啟諸多激動(dòng)人心的全新可能性。